Науково-дослідна діяльність, поряд з експертною, розвивалася в Київському науково-дослідному інституті судових експертиз Міністерства юстиції України (далі – КНДІСЕ, Інститут) з початку його функціонування у 1914 році як Кабінету науково-судової експертизи при Прокурорі Київської судової палати. Зміцнюючи відповідно до вимог Міністерства юстиції України свій потенціал Інститут нині розвиває усі напрями інноваційної судово-експертної діяльності, здійснює прикладні й експрес-дослідження з пріоритетом у галузі права та експертних спеціальностей, результати яких активно впроваджуються в законотворчість, правозастосовну і експертну діяльність, наукове супроводження нормотворчих процесів та є науковим центром експертного забезпечення правосуддя.

Відповідно до Тематичного плану науково-дослідних робіт науково-дослідних установ судових експертиз Міністерства юстиції України на 2024 рік Інститутом виконується  38 науково-дослідна робота з актуальних проблем теорії та практики судової експертизи. За Планом Інституту виконувалися 6 науково-дослідних робіт.

У повному обсязі виконується план науково-дослідних робіт Інституту. Зокрема, у поточному році триває реалізація 38 тем Плану, що спрямовані на забезпечення судово-експертної діяльності, створення методик проведення судових експертиз. Формами реалізації зазначених наукових досліджень є: методичні рекомендації; навчальні посібники; монографії; підручники; науково-практичні коментарі; довідники; стандарти усталеної практики; методики проведення судових експертиз.

Внаслідок системної роботи, спрямованої на підвищення рівня оприлюднення результатів наукової діяльності науковці Інституту щорічно публікують наукові праці у виданнях, що індексуються в міжнародних науковометричних базах даних Scopus та Web of Science.

В КНДІСЕ є електронний репозитарій, що наповнюється новими публікаціями та налічує нині більш як 8 тис. матеріалів, що сприяє популяризації праці вчених КНДІСЕ в мережі Інтернет.

Важливе значення для реалізації наукових досліджень в Інституті має організація та проведення міжнародних наукових і науково-практичних конференцій, семінарів, круглих столів, робочих зустрічей. У цих заходах беруть участь провідні вчені, представники органів державної влади, правоохоронних органів, зокрема, зарубіжних країн, наукові та науково-педагогічні працівники закладів вищої освіти, наукових установ.

КНДІСЕ за результатами державної атестації, проведеної 22 травня 2019 року, визнано такою науковою установою, що пройшла державну атестацію з атестаційною оцінкою 3.08/3.87 строком на 5 років. Свідоцтво про державну атестацію Серія ДА №00018 з терміном дії до 31 травня 2024 року. КНДІСЕ віднесено до І класифікаційної групи.

Науково-дослідну роботу КНДІСЕ очолює директор. Курує та забезпечує функціонування цього напрямку діяльності заступник директора Інституту з наукової роботи. Також в інституті працює учений секретар, який є секретарем Вченої ради КНДІСЕ. З метою належної організації НДР всіма експертно-науковими підрозділами Інституту, відповідно до положення про неї, діє Лабораторія організації наукової, методичної діяльності, нормативного забезпечення та міжнародного співробітництва.

Відповідно до Закону України «Про наукову та науково-технічну діяльність», Статуту Інституту та Положення про Вчену раду КНДІСЕ, в Інституті діє Вчена рада, яка складається з 15 осіб. Засідання Вченої ради проходять регулярно (11-12 засідань на рік).

Крім власне науково-дослідних розробок, в Інституті проводяться науково-методичні заходи. До них належать: організація і участь у весняних, осінніх та позачергових засіданнях секцій Науково-консультативної та методичної ради з проблем судової експертизи при Міністерстві юстиції України; участь у щорічному засіданні Президії Науково-консультативної та методичної ради з проблем судової експертизи при Міністерстві юстиції України. Лабораторією організації наукової, методичної діяльності, нормативного забезпечення, міжнародного співробітництва та підготовки експертів проводиться редакційно-видавнича діяльність. Зокрема, відповідно до ст. 8 Закону України «Про судову експертизу» регулярно, 1 раз на рік, видається міжвідомчий науково-методичний збірник «Криміналістика і судова експертиза». Видання включене до Переліку наукових фахових видань України категорії Б з юридичних наук за спеціальністю 081 «Право», друкується змішаними мовами: українською та англійською та розповсюджується на території держави та за її кордоном. Видання зареєстроване на платформі «Наукова періодика України» та в міжнародних наукометричних базах даних «Index Copernicus», «Ulrich’sPeriodicals», «ERICH PLUS», «Google Scholar», присвоєний ідентифікатор міжнародного стандарту DOI (digital object identifier).

За весь період існування зазначеного видання було опубліковано більш ніж чотири тисячі наукових статей.

КНДІСЕ виконав понад 700 науково-дослідних розробок, серед яких методики, науково-методичні рекомендації тощо.

В КНДІСЕ започатковано випуск навчального посібника «Судові експертизи в процесуальному праві України», покликаного доступно і повно розкрити зміст, задачі, вирішувані питання, застосовувані методи та необхідні матеріали для проведення певних видів судових експертиз. Вже виходить друком четвертий посібник. Видання розраховане на широке коло читачів, які потенційно можуть призначити, або є суб’єктами призначення судових експертиз, має широкий попит та є одним з найсвіжіших та найактуальніших видань на території України за останні 30 років.